جرت الأعراف (في التقاليد السّياسيّة القديمة) على أنه مع نهاية المعارك بين المتنافسين، يتوجب على القائد العسكريّ المنتصر أن يتنقل إلى العاصمة هيي-آن (هًيآنْ، معناه السلام: حول اسمها لاحقا إلى كيوتو، و معناها العاصمة) ليحكم بمباركة من الإمبراطور. لكنّ، و في سنة 1185 قام الجنرال ميناموتو نو يوريتومو بكسر هذا التّقليد، فرفض الانتقال واختار الاستقرار بسلطته في كاماكورا، في الجنوب من يوكوهاما حاليّا. عرفت البلادولكن أثناء فترة كاماكورا نوعا من الاستقرّار. دخلت اليابان في فترة تناحرت خلالها الفصائل و العشائر المختلفة وعرفت هذه باسم فترة المقاطعات المتحاربة أو سن-غوكو. في سنة 1600 م، و بعد معركة سيكيغاهارا، تمكن الشوغون (شٌوگُنْ، القائد العسكريّ) توكوغاوا إيئياسو من أن يهزم أعدائه، أسس نظاما عرف باسمه شوغونية توكوغاوا، اتخذ لنفسه عاصمة جديدة في المكان التي كانت تقع فيه قرية أدو الصغيرة -والتي كان نشاطها مقتصرا على الصيد-، القرية عرفت لاحقا باسم طوكيو أو العاصمة الشرقية.
أثناء القرن السّادس عشر ، وصل البلاد تُجّار من البرتغال وهولندا وإنجلترا وإسبانيا, كما بدأ نشاط الدعاة المسيحيّون في نفس الفترة. أثناء النصف الأوّل من القرن السّابع عشر، وارتاب شوغونات اليابان من هؤلاء الدعاة فنظروا إليهم على أنهم طلائع لغزو عسكريّ أوربّيّ، فتم قطعّ كلّ العلاقات مع العالم الخارجيّ باستثناء اتّصالات خاصّة مع تجّار هولنديّين و صينيّين في ناغاساكي ومع بعض المبعوثين الكوريّين. استمرّت هذه العزلة لمدّة 251 سنة، حتّى قام عميد البحريّة الأمريكية ماثيو بيري بدفع اليابان و بالقوة إلى فتح أبوابها للغرب، فوقعت لهذا الغرض الاتفاقيات كاناغاوا سنة 1854 م .