يعتبر اليابان أرخبيلا أي مجموعة جزر متقاربة، يمتد على طول الساحل الشرقيّ للمحيط الهادي في آسيا. الجزر الرئيسيّة (والتي تعرف أيضا كجزائر الوطن الأم) ، تنتشر من الشمال إلى الجنوب ، وهي: "هوكايدو" ، "هونشو" (البرّ الرئيسيّ) ، "شيكوكو"، "كيوشو" و"أوكيناوا" في أرخبيل "ريوكيو" الذي يبعد 600 كم إلى الجنوب الغربيّ من "كيوشو". يضاف إلى ذلك ، حوالي 3,000 من الجزر الصغيرة والتي يمكن عدها ضمن امتداد الأرخبيل الذي يضمه مايعرف بـ"اليابان الكبرى".
المساحة: 377,835 كم² (بما في ذلك 3,091 كم² من المياه الإقليميّة)
كبرى الجزر: "هونشو" ، "هوكايدو" ، "كيوشو" ، "شيكوكو"
امتداد السواحل: 29.751 كم
أعلى قمة: "جبل فوجي": 3,776 م
أخفض نقطة: "هاشيرو-غاتا" -4 م
حوالي 73% من مساحة البلاد ذات طبيعة جبليّة ، تنتشر السلاسل الجبلية عبر كل من الجزائر الرئيسيّة: يبلغ ارتفاع أعلى قمة، "جبل فوجي" الـ3.776 مترا. لما كانت مساحة الأراضي المنبسطة محدودة جدا ، تم فلح (زرع) العديد من التلال والأراضي المحيطة بالجبال وحتى أعلى القمم. نشأت وامتدت أغلب كبريات المدن على كل المساحة التي تشملها السهول المتواجدة في البلاد.
تقع اليابان في منطقة بركانيّة هي جزء مما يعرف باسم "حلقة المحيط الهادئ النارية". تحدث الزلازل المدمّرة، والتي تتجلى مظاهرها غالبا في أمواج الـ"تسونامي" البحرية، مرات عدة كل قرن. تتواجد بالبلاد العديد من ينابيع المياه الحارة، وقد أنشأت منتجعات سياحية حولها.